Jedini ženski samostan sestara karmelićanki u Bosni i Hercegovini nalazi se na teritoriju župe Stup. Počeci ove kontemplativne zajednice na ovome području sežu u 1988. kada je tadašnji vrhbosanski nadbiskup mons. Marko Jozinović pozvao sestre iz samostana u Brezovici na osnivanje samostana u Vrhbosanskoj nadbiskupiji. Na tu njegovu želju karemelićanke su već u svibnju iste godine na svom redovitom kapitulu odgovorile pozitivno te su od tadašnjeg zagrebačkog nadbiskupa, Franje Kuharića, zatražile pismenu dozvolu za gradnju Karmela.
Zbog zdravstvenih razloga nadbiskup Jozinović je umirovljen 1990., a službu apostolskog administratora Vrhbosanske nadbiskupije obnašao je đakovačko-srijemski biskup Ćiril Kos. Krajem listopada 1990. blagoslovljen je kamen temeljac novoga Karmela i užurbano se radilo na izgradnji samostana. Izgradnju Karmela podržao je i novoizabrani vrhbosanski nadbiskup Vinko Puljić. Radovi su se izvodili do jeseni 1992. do kada je dovršen prvi dio samostana: privremena kapelica, knjižnica, kuhinja i 11 sobica za sestre. Upravo u to vrijem 11 sestara trebalo je useliti u novoizgrađeni samostan, no nesretni rat te rušenje mosta na Savi između Slavonskoga i Bosanskoga Broda to je spriječio. Nadbiskup Puljić predložio je sestrama da s dolaskom na Stup pričekaju do proljeća kako bi vidjeli kako će se odvijati situacija. Ispostavilo se to proročkim savjetom budući da su strahote ratnoga vihora pogodile i samostan na Stupu koji je devastiran, miniran i uništen. Također je bio otuđen i sav građevinski materijal.
Završetak rata donio je i inicijativu za ponovnu izgradnju samostana. Najprije je to područje trebalo očistiti od mina, a zatim krenuti u obnovu. Do jeseni 2000. radilo se marljivo i užurbano tako da su ostvareni kakvi-takvi uvjeti za dolazak prvih sestara. U rujnu 2000., točnije 17. rujna, osam sestara zaputilo se u novi Karmel na Stupu: s. Franciska od Božje Ljubavi, s. Mihaela od Dobrog Pastira, s. Lucija od Gospe Fatimske, s. Marija Margareta od Presvetog Srca Isusova, s. Alojzija od Isusa Krista, S. Marija s. Antonija od Marije Pomoćnice i s. Irena od Presvetog Sakramenta. Nekoliko dana kasnije, 23. listopada na temeljima ranjene crkve i razorenog sestarskog kora kard. Puljić slavio je sv. misu tijekom koje je svečano pročitan dekret Svete Stolice te je kanonski utemeljen Karmel na Stupu posvećen Bezgrješnoj Kraljici Karmela. U narednim mjesecima i godinama i dalje se radilo na uređenju samostana: tako je 6. studenoga 2000. u privremenoj kapelici slavljena prva sv. misa, a šest godina poslije, 16. srpnja na blagdan Gospe karmelske zatvorena je klauzura samostana. Sljedeće godine na isti blagdan bila je svečana posveta crkve i oltara.
Uz svakidašnje kućanske poslove (kuhanje, pranje, šivanje, rad u vrtu) sestre izgrađuju i škapulare i Agnus Dei kako bi se mogle uzdržavati.